Khan được sinh ra ở Rajasthan trong một gia đình Hồi giáo của tổ tiên Pathan.[14][15] Mẹ của Khan, bà Saeeda Begum Khan đến từ Jodhpur và cha anh, ông Yaseen Ali Khan, đến từ làng Khajuriya ở quận Tonk của Rajasthan. Họ cùng điều hành một doanh nghiệp sản xuất lốp xe.[16][17][18][19] Khan trải qua thời thơ ấu ở Tonk và sau đó là Jaipur. Anh rất giỏi môn cricket và từng chơi ở Giải Cúp Nayudu dành cho những người mới nổi ở hạng dưới 23 tuổi, một giải đấu được coi là bước đệm cho môn cricket hạng nhất ở Ấn Độ. Tuy nhiên, anh không tham dự vì không đủ chi phí đi lại.[20]

Anh tỏ ra thích thú với diễn xuất bởi ảnh hưởng của người chú ruột, một nghệ sĩ sân khấu ở Jodhpur.[21] Ở Jaipur, Khan làm quen với nhiều nghệ sĩ sân khấu nổi tiếng. Anh cũng tham gia biểu diễn tại một số sân khấu trong thành phố. Khan hoàn thành bằng thạc sĩ tại Jaipur trước khi gia nhập Trường Sân khấu Quốc gia (NSD) tại New Delhi vào năm 1984 nơi anh bước chân vào con đường diễn xuất chuyên nghiệp.[22][23]

Trong những ngày đầu vật lộn ở Mumbai, Khan nhận công việc sửa chữa máy điều hòa đồng thời đến thăm nhà của diễn viên anh ngưỡng mộ, Rajesh Khanna vào năm 1984.[24] Về sau, trong một cuộc phỏng vấn, anh tiết lộ: "Loại cơn sốt mà Rajesh Khanna gây ra chắc chắn không bị trùng lặp bởi bất kỳ ai. Ông là ngôi sao lớn nhất và thực sự nhất mà Bollywood đã từng sản sinh ra. Tôi khẳng định rằng, trong cương vị một ngôi sao, bạn luôn có cảm giác bị thần tượng chiếm hữu; bạn choáng ngợp với sự háo hức đến nỗi mất liên lạc hoàn toàn với thực tế."[25]